| 일자 | 기관명 | 항목 |
| 2004.3.22 | 환경부 | 멸종위기야생생물 서식지외보전기관 제 8호 |
| 2014.4.17 | 환경부 | 생물다양성관리기관 제 2호 |
| 2002.11.4 | 산림청 | 사립수목원 제 6호 |
| 2012.7.12 | 산림청 | 산림유전자원관리기관 2012-07호 |
| 2017.4.3 | 산림청 | 산림생명자원관리기관 2017-7호 |
| 2024.10.31 | 산림청 | 국가희귀 특산식물보전기관 지정서 2024-05호 |
연도별 연혁
- 1969. 기청산농원 설립
- 1991. 유실수원 조성
- 1994. 향토수종연구
- 1996. 야생화 관찰원 조성, 개발, 보급을 위한 한국생태조경연구소 설립
- 1997. 해변식물원 조성, 육묘 온실 건립
- 1998. 암석원 조성, 한국 생태조경 연구소 설립
- 1999. 무궁화 품종 관찰원 조성
- 2000. 외래식물 수집원 조성
- 2001. 난대식물 관찰원 조성
- 2002. 사립수목원 제 6호 등록
- 2004. 환경부 지정 서식지외보전기관 지정
- 2004. 야생화 및 식물관련 상품 매장 신설, 약용식물원 조성
- 2005. 기념품 SHOP 신축
- 2005. 모란· 작약원, HOSTA 품종원, 양치식물원조성
- 2006. 향기향수원 조성, 수생식물 관찰원 확대조성(용연지, 수달지보완)
- 2007. 용연지 관찰데크 설치, 종자저장고 설치, 입구 매표소 및 회랑 설치, 쉼터 설치, 창고 및 화장실 신축
- 2010. 수목원특성화사업 준공(자연체험학교)
- 2011. 기념품샵 및 카페 개장
- 2012. 국립산림품종관리센터 지정 산림생명자원관리기관 지정(제 7호)
- 2012. 제22회 나라꽃 무궁화 전국축제 개최
- 2014. 환경부 지정 생물다양성 관리기관 지정(제 7호)
- 2015. 제4회 멸종위기식물 전시회 개최
- 2016. 제26회 나라꽃 무궁화 전국축제 개최
- 2016. 제5회 멸종위기식물 전시회 개최
- 2017. 제6회 멸종위기식물 전시회 개최
- 2018. 제7회 멸종위기식물 전시회 개최
- 2021. 제10회 멸종위기식물 전시회 개최
- 2022. 제11회 멸종위기식물 전시회 개최
- 2022. 이은실 부원장 취임
- 2023. 산림생명자원 위탁연구 “꿀풀과 식물 수집 및 관리” 수행
- 2024. 산림청 지정 국가희귀특산식물보전기관 지정
- 2024. 한국수목원정원관리원 주최 대한민국 정원식물 전시 품평회 자생식물 분야 출품한 순비기나무가 “올해의 정원식물”로 선정
- 2024. 싱가포르 BGCI 참가 및 울릉도 식물 보전 노력에 대한 구두발표
- 2024. 한국수목원정원관리원 “2024년 꼭 가봐야 할 수목원 10선” 선정